Hindi lahat ng apps na ginawa sa Java ay kayang i-replicate ng Flutter. Sa katunayan, mayroong mga limitations ang Flutter, gaya ng hindi pagkakaroon ng direktang suporta para sa Android NDK (Native Development Kit), na ginagamit ng mga developer upang makapagsulat ng native code sa Android. Mayroon din itong limitasyon sa paggamit ng hardware, tulad ng Bluetooth at camera, depende sa platform at device na gagamitin.
Gayunpaman, sa kabila ng mga limitasyon na ito, maraming developers ang pumipili ng Flutter dahil sa mabilis nitong pag-develop, mas magaan itong gamitin, at nagbibigay ito ng magandang user interface sa parehong iOS at Android. Bukod pa riyan, mayroong mga third-party plugins at libraries na pwedeng gamitin upang magdagdag ng suporta para sa iba pang mga features na hindi kasama sa core framework ng Flutter.
Sa kabuuan, depende pa rin sa kung ano ang pangangailangan ng isang app at kung alin ang mas angkop na programming language para sa partikular na project.