Ang pelikulang Heneral Luna ay tungkol sa buhay ni Heneral Antonio Luna, isang bayani ng Pilipinas na nagsilbi bilang isang pangunahing lider sa panahon ng himagsikan ng Pilipinas laban sa mga Amerikano noong panahon ng kolonyalismo.
Nagsimula ang pelikula sa pagsusumikap ni Heneral Luna na pag-aklas laban sa mga Amerikano na nagpapakita ng pananampalataya, dedikasyon at kahandaan sa kanyang pangkat ng mga sundalo. Ngunit, sa kabila ng kanyang kakayahan sa pagpapatakbo ng digmaan at pagiging isang mahusay na lider, hindi siya nakatugon sa mga politiko sa Malolos na nagpapasya tungkol sa kanyang mga hakbang upang mapigilan ang pagdating ng mga Amerikano sa bansa.
Sa kabila ng kanyang mga pagpapakamatay upang mapanatili ang kanyang mga kaisipan, hindi nakamit ni Heneral Luna ang tanging layunin na mapanatili ang kalayaan ng bansa. Ang kanyang mga pagpapakabana sa kapakanan ng kanyang mga kababayan ay nagdulot ng pagpapakamartir sa kanya, at sa bandang huli ay tuluyan siyang napaslang ng mga kaaway.
Sa kabuuan, ang pelikulang Heneral Luna ay nagpapakita ng mga suliranin na kinaharap ng Pilipinas at ang mga pagpapakamatay ng mga bayani upang mapanatili ang kalayaan ng bansa. Ipinapakita rin nito kung paano nakatutulong ang mga matatapang na lider sa pagpapalakas ng pagkakaisa at damdamin ng mga Pilipino tungo sa isang mas matatag na bansa.